Audyt podatkowy jest przeprowadzany po zawarciu stosownej umowy między Zleceniodawcą a Instytutem Studiów Podatkowych. Audyt podatkowy wykonuje wyznaczony przez Zarząd Instytutu Studiów Podatkowych zespół specjalistów do poszczególnych tytułów podatkowych. Podczas Audytu przeprowadza się weryfikację i badanie materiałów źródłowych oraz wszelkich innych materiałów mających znaczenie dla podatnika.  Całość audytu prowadzona jest w ścisłej współpracy z Podatnikiem. Omawiane są wszelkie wątpliwości i okoliczności mogące mieć wpływ na wynik badania. W pełni profesjonalny zespół merytorycznych specjalistów działa pod bezpośrednim nadzorem prof. dr hab. Witolda Modzelewskiego.
   Finalnym etapem jest sporządzenie Raportu z Audytu podatkowego – do wyłącznej wiadomości Zleceniodawcy. Całość prac w trakcie Audytu podatkowego oraz treść Raportu objęte są tajemnicą zawodową po stronie Instytutu Studiów Podatkowych.
   Instytut Studiów Podatkowych szczyci się tym, że nie przeprowadza Audytu podatkowego na „ankietach”, lecz weryfikuje szczegółowo i dokładnie cały materiał źródłowy u Zleceniodawcy.