Skutki, które może spowodować niewłaściwe zastosowanie opodatkowania lub zwolnienia od podatku VAT należy podzielić na skutki podatkowe i w zakresie odpowiedzialności karno-skarbowej. W zależności od okoliczności skutki te mogą wystąpić po stronie zbywcy lub nabywcy.
   W przypadku zastosowania zwolnienia do dostawy nieruchomości, gdy organ stwierdzi, że właściwe było jej opodatkowanie, jeżeli wcześniej nie zostanie skorygowana faktura, w stosunku do zbywcy zostanie wydana decyzja, w której dostawa będzie uznana za czynność podlegającą opodatkowaniu, wówczas zbywca poniesie ciężar podatku. Ponadto najprawdopodobniej jemu zostanie postawiony zarzut popełnienia przestępstwa karno-skarbowego (z uwagi na dużą kwotę zobowiązania) za uszczuplenie budżetu państwa z tytułu podatku VAT.
   Natomiast w przypadku opodatkowania dostawy nieruchomości, gdy organ stwierdzi, że właściwe było zastosowanie zwolnienia, wyda on decyzję, w której, na podstawie art. 108 ust. 1 ustawy z 11 marca 2004 r., orzeknie o obowiązku zapłaty kwoty zobowiązania wynikającej z faktury dokumentującej przedmiotową dostawę nieruchomości. Natomiast nabywcy odmówi prawa do odliczenia i najprawdopodobniej zakwestionuje prawidłowość ewentualnie wystawionej faktury korygującej. Czyli w tej sytuacji nabywca poniesie ciężar podatku, ponieważ zapłaci jego wartość zbywcy natomiast sam nie będzie miał prawa do odliczenia, co więcej będzie narażony na odpowiedzialność karno-skarbową, z uwagi na zawyżenie kwoty podatku naliczonego a w konsekwencję zaniżenie zobowiązania podatkowego lub zawyżenie zwrotu.
   Ponadto mogą powstać inne sytuację, w których skorygowanie nieprawidłowo wystawionej faktury będzie niemożliwe, np. w przypadku gdy wystawca faktury się wyrejestrował z rejestru podatników VAT lub został zlikwidowany.
W tym miejscu należy podkreślić, że roszczenie nabywcy o odszkodowanie w dwóch wyżej wskazanych przypadkach jest wątpliwe, gdyż w orzecznictwie sądowym uznaje się, że na nabywcy ciąży obowiązek zweryfikowania prawidłowości wystawienia faktury, jeżeli tego nie uczynił i w wyniku tego poniósł szkodę, to nie ma prawa do jej naprawienia przez zbywcę.
   W świetle powyższego przy sprzedaży lub nabyciu nieruchomości, jak również przy dokonywaniu innych dużych transakcji, należy zachować szczególną staranność w zakresie stwierdzenia prawidłowości wystawienia faktury dokumentującej tę sprzedaż. Można również uzyskać opinię profesjonalisty (doradcy podatkowego, radcy prawnego), która wskaże prawidłowe rozwiązanie i pozwoli uniknąć negatywnych konsekwencji, nawet w przypadku wskazania przez niego nieprawidłowego rozwiązania, ponieważ podmiot, który uzyskał taką opinię ma roszczenie o naprawienie szkody, a także niniejsza opinia będzie skutkować uniknięciem odpowiedzialności karno-skarbowej, która oparta jest na zasadzie winny, ponieważ nie będzie można przypisać winy osobie decyzyjnej (właścicielowi, prezesowi, głównemu księgowemu) skoro dołożyła należytej staranności w prawidłowym ustaleniu sposobu opodatkowania poprzez uzyskanie opinii profesjonalisty.

   Co do zasady każda czynność musi być uznawana za odrębną i niezależną, jednakże świadczenie obejmujące jedną czynność z ekonomicznego punktu widzenia nie powinno być sztucznie dzielone, by nie zakłócić funkcjonowania systemu VAT. Należy określić zasadnicze cechy transakcji w celu ustalenia, czy podatnik dokonuje na rzecz klienta kilka odrębnych czynności zasadniczych czy też jedną usługę. Pojedyncza czynność ma miejsce zwłaszcza wtedy, gdy jedną lub więcej części składowych uznaje się za czynność zasadniczą, podczas gdy inny lub inne elementy traktuje się jako czynności pomocnicze, do których stosuje się te same zasady opodatkowania, co do czynności zasadniczej. Czynność należy uznać za czynność pomocniczą w stosunku do czynności zasadniczej, jeśli nie stanowi ona dla klienta celu samego w sobie, lecz jest środkiem do lepszego wykorzystania czynności zasadniczej. Podobnie ETS w wyroku w sprawie pomiędzy Card Protection Plan Ltd. a Comissioners of Customs and Excise sygn. akt C-349/96.
   Przy ocenie w przedmiotowym zakresie istotne znaczenie ma:

• czy jedno lub więcej świadczeń jest świadczeniem głównym, a pozostałe (jedno lub więcej) są świadczeniami pomocniczymi dzielącymi los świadczenia głównego;
• czy świadczenie pomocnicze stanowi dla klientów cel sam w sobie, czy środek do korzystania na jak najlepszych warunkach z głównej czynności usługodawcy/dostawcy;
• czy dwa lub więcej elementów albo dwie lub więcej czynności wykonywanych przez podatnika jest ze sobą tak ściśle związanych, że tworzą obiektywnie jedno świadczenie gospodarcze, którego rozdzielenie miałoby charakter sztuczny;
• możliwość odrębnego fakturowania za daną czynność;
• możliwość nabywania danych elementów świadczenia od niezależnych podmiotów trzecich;
• to, że dla nabywcy świadczenie nie miałoby ekonomicznego sensu, jeżeli nie otrzymałby od świadczącego również drugiego elementu świadczenia;
• czy świadczenie stanowi element kalkulacyjny ceny świadczenia zasadniczego.

   Ustalenie, czy czynność kompleksowa składa się z czynności zasadniczej i czynności pomocniczej, czy też z kilku czynności zasadniczych ma duże znaczenie dla ustalenia sposobu opodatkowania podatkiem VAT, ponieważ w pierwszym przypadku całość świadczenia będzie opodatkowane według zasad określonych dla czynności zasadniczej, natomiast w drugim przypadku zasady opodatkowania określa się odrębnie dla każdej z czynności. Przykładem pierwszego rodzaju czynności kompleksowych jest dostawa towaru z przesyłką tego towaru, w sytuacji gdy, np. towar korzysta ze stawki obniżonej 7 %, natomiast usługa przesyłki opodatkowana jest stawką 22 %, wówczas całość opodatkowana jest według stawki właściwej dla czynności zasadniczej, tj. dostawy towaru 7 %. Usługa przesyłki jest usługą pomocniczą do czynności zasadniczej – dostawy towaru, którego nabycie jest celem dla klienta. Podobnie montaż paneli w lokalu mieszkalnym; dostawa paneli jest opodatkowana stawką 22 %, montaż korzysta ze stawki obniżonej 7 %. Z uwagi na fakt, iż celem klienta jest montaż paneli w mieszkaniu a nie ich zakup, to czynność jako całość opodatkowana jest stawką właściwą dla usługi 7 %. Natomiast przykładem drugiego rodzaju czynności kompleksowych jest usługa wynajmu mieszkania i usługa sprzątania części wspólnych budynku, które są odrębnie fakturowane. W tym przypadku, z uwagi na fakt, iż te usługi są odrębne, usługa najmu mieszkania korzysta ze zwolnienia od podatku VAT, a usługa sprzątania części wspólnych budynku jest opodatkowana według stawki 22 % (vide wyrok ETS z dnia 11 czerwca 2009 r. w sprawie C-572/07 RLRE Tellmer Property sro przeciwko Finanční ředitelství v Ústí nad Labem).

   Przystąpienie Polski do Unii Europejskiej spowodowało podporządkowanie polskiego systemu prawnego hierarchicznie ważniejszemu systemowi prawa wspólnotowego we wszystkich zakresach, które są objęte prawem wspólnotowym - w zakresie podatku od towarów i usług głównym aktem prawnym Wspólnoty jest od dnia 1 stycznia 2007 r. Dyrektywa 112. Wprawdzie dyrektywy adresowane do państw członkowskich wiążą te państwa jedynie co do wskazanych celów i terminu implementacji, państwa członkowskie zachowują swobodę w doborze form i metod realizacji tych celów, to jednak w przypadku braku, niewłaściwej lub nieterminowej implementacji dyrektywy - jej postanowienia mogą być bezpośrednio skuteczne, jeśli charakter, treść i układ przepisu nadaje się do bezpośredniego stosowania. Z zasady supremacji prawa wspólnotowego nad normami krajowymi wynika zasada bezpośredniego stosowania prawa wspólnotowego, co oznacza, że w przypadku sprzeczności prawa polskiego z prawem wspólnotowym podatnicy mają prawo stosować prawo wspólnotowe bezpośrednio, pomijając przepisy prawa krajowego. Natomiast organy podatkowe w swoich rozstrzygnięciach co do zasady opierają się na przepisach prawa krajowego, jednakże w przypadku stwierdzenia ich sprzeczności z przepisami wspólnotowymi mają bezwzględny obowiązek stosowania przepisu wspólnotowego z pominięciem sprzecznego z nim przepisu krajowego. Niniejsze zasady wynikają z art. 7,  art. 8 ust. 1, art. 87 ust. 1, art. 90 ust. 1, art. 91 Konstytucji RP. Jednak prawo do bezpośredniego stosowania dyrektywy z pominięciem przepisów krajowych nie może być wykorzystywane przez organy państwa w celu ograniczenia praw wynikających z przepisów krajowych lub nakładania obowiązków, które nie wynikają z regulacji krajowych. Jeżeli podatnik stosuje niezgodne z dyrektywą przepisy krajowe, organy podatkowe nie mogą tego kwestionować na podstawie dyrektywy. Dokonanie takiej wykładni prowadziłoby do rozszerzenia zakresu obowiązku podatkowego poza granice określone przepisami prawa krajowego. Jedynie podatnik ma prawo wyboru powołania się na prawo krajowe lub Dyrektywę 112, w zależności od tego, która regulacja jest dla niego korzystniejsza.
   Zasada bezpośredniego stosowania dyrektyw w przypadku ich niewłaściwej implementacji została sformułowana w orzeczeniach ETS, np. orzeczenia w sprawach: C-6/64 Flaminio Costa, C-26/62 Van Gend & Loos, C-41/74 Van Duyn, C-103/88 Fratelli Costanzo Sp.A, C-431/92 Komisja przeciw Niemcom, 8/81 Ursula Becker przeciwko Finanzamt Münster-Innenstadt. Należy podkreślić, że orzeczenia ETS nie wiążą tylko w danej konkretnej sprawie. Rozstrzygnięcia ETS wchodzą do acquis communautaire (fr. "dorobek wspólnotowy"). Obowiązkiem każdego państwa wstępującego do Unii Europejskiej jest wprowadzenie acquis communautaire do własnego systemu prawnego. Regułą jest, że niniejszy dorobek musi być uwzględniany w porządku krajowym państw członkowskich przez wszystkie organy publiczne; m.in. art. 10 Traktatu z dnia 25 marca 1957 r. nakłada na państwa członkowskie – w tym funkcjonujące w nich organy państwowe – obowiązek podejmowania wszelkich działań w celu zapewnienia realizacji zobowiązań wynikających z traktatu i postanowień wspólnotowego prawa pochodnego o skutku bezpośrednim.
   Również zasada obowiązku bezpośredniego stosowania prawa wspólnotowego została potwierdzona m.in. przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w wyrokach z dnia 30 kwietnia 2008 r. (III SA/Wa 173/08),  z dnia 15 października 2007 r. (III SA/Wa 1201/07), z dnia 23 października 2006 r. (III SA/Wa 1744/06), oraz Wojewódzki Sąd Administracyjny w Białymstoku w wyroku z dnia 25 lutego 2009 r. (I SA/Bk 21/09).
   Reasumując, organy podatkowe, w przypadku stwierdzenia niezgodności ustawy z dnia 11 marca 2004 r. z Dyrektywą 112, mają obowiązek bezpośrednio stosować Dyrektywę 112 tylko, jeżeli jej regulacje są korzystniejsze dla podatnika.  

   Zgodnie z art. 88 ust. 3a pkt 4 lit. a ustawy z dnia 11 marca 2004 r., nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne, gdy wystawione faktury, faktury korygujące lub dokumenty celne stwierdzają czynności, które nie zostały dokonane – w części dotyczącej tych czynności. W praktyce często organy kontroli skarbowej i organy podatkowe w przypadku stwierdzenia wystawiania faktur stwierdzających czynności, które nie zostały dokonane, kwestionują prawo do odliczenia podatku od towarów i usług na kolejnych etapach obrotu, nie weryfikując okoliczności z nimi związanych. Organy kwestionują również to prawo do odliczenia w przypadku sprzedaży dokonanej przez zbywcę w celu dokonania oszustwa podatkowego. Czy takie postępowanie organów jest właściwe?
   W tym miejscu należy wskazać na jednolitą linię orzecznictwa ETS w zakresie prawa do obniżenia podatku należnego o podatek naliczony w tego typu przypadkach. ETS stwierdzał, że fakt dokonania sprzedaży w warunkach oszustwa podatkowego nie wpływa na prawo do odliczenia podatku od towarów i usług przez nabywcę, który nie wiedział i nie mógł wiedzieć, że dokonuje transakcji z oszustem. Niniejszy pogląd ETS wyraził m.in.. w wyrokach: Optigen (C-354/03, C-355/03 i C-484/03), Federation of Technological Industries and Others (C-384/04), Halifax and Others (C-255/02), w połączonych sprawach Axel Kittel oraz Recolta Recycling SPRL (C-439/04 i C-440/04). ETS w wyrokach stwierdzał, że nabywca towaru lub usługi utrzymuje prawo do odliczenia podatku VAT związane z daną czynnością również wtedy, gdy ta konkretna czynność podejmowana była przez sprzedawcę w celu dokonania oszustwa podatkowego na gruncie tego podatku, nawet jeśli przepisy krajowe takiej czynności nadają przymiot bezwzględnej nieważności - o ile naturalnie nabywca o oszustwie podatkowym dokonywanym przez sprzedawcę nie wiedział i nie mógł się dowiedzieć. Te uwagi dotyczą również m.in. sprzedaży dokonanej przez firmanta.
   W wyrokach ETS wskazywał też, że pozbawienie prawa do odliczenia podatnika, który nieświadomie był stroną transakcji stanowiącej rodzaj oszustwa podatkowego, byłoby sprzeczne z zasadą neutralności podatku od towarów i usług, zgodnie z którą prawo do odliczenia może być wykonywane niezwłocznie w stosunku do wszelkich kwot podatku naliczonych przy nabyciu towarów i usług przez podatnika w związku z jego czynnościami opodatkowanymi. Również przyznanie działającemu w dobrej wierze podatnikowi prawa do odliczania podatku od towarów i usług z faktur związanych z oszustwem nie powinno w praktyce uszczuplić wpływów budżetowych, ponieważ wystawca faktury powinien rozliczyć podatek należny wynikający z wystawionej faktury. Zgodnie z powyższym, zdaniem ETS, podatnicy podejmujący wszelkie racjonalne środki w celu ustalenia, że podejmowane przez nich transakcje nie stanowią elementu popełnianych przez inne podmioty oszustw, muszą mieć możliwość odliczenia podatku naliczonego podatku od towarów i usług w związku z tymi transakcjami, niezależnie od tego, czy transakcje te stanowią element obejścia przepisów o podatku VAT lub innego nadużycia popełnianego przez osoby trzecie, w tym także przez bezpośredniego sprzedawcę.
   Należy zauważyć, że przystępując do Unii Europejskiej, na mocy Traktatu Ateńskiego, zawartego w dniu 16 kwietnia 2003 r., Polska związana jest postanowieniami Traktatów założycielskich i aktów przyjętych przez Instytucje Wspólnoty przed dniem przystąpienia, jak również stała się adresatem dyrektyw i decyzji w rozumieniu art. 249 Traktatu ustanawiającego Wspólnotę Europejską z dnia 25 marca 1957 r. o ile takie dyrektywy i decyzje skierowane były do wszystkich państw członkowskich. Ponadto orzeczenia ETS stały się częścią krajowego systemu prawnego.
   W związku z powyższym, organ pozbawiając podatnika prawa do odliczenia powinien wykazać, że wiedział on lub mógł wiedzieć, iż transakcja jest dokonywana w celu dokonania oszustwa podatkowego.