Instytut Studiów Podatkowych opracowuje ekspertyzy prawne, podatkowe i ekonomiczne, w tym zakresie oceny wartości szkody, na potrzeby postępowań zawisłych przed sądami powszechnymi i administracyjnymi. Ekspertyzy na potrzeby postępowań karnych, cywilnych czy w sprawach gospodarczych opracowywane są przez Zespół ds. Ekspertyz Sądowych na zlecenie stron postępowania i przedstawiane jako dowody prywatne w ramach postępowania. W wielu sprawach tego rodzaju Instytut jako jednostka był powoływany na biegłego także postanowieniami sądów.