Z uzasadnienia uchwały NSA wynika, że możliwość skorzystania przez pracownika z usług medycznych posiada istotny wymiar finansowy, czego dowodzi także szybko rosnąca popularność pakietów medycznych. Gdyby pracownik tę możliwość chciał zapewnić sobie samodzielnie, musiałby wykupić abonament, płacąc za niego częstokroć więcej niż kwota wydatkowana przez pracodawcę w przeliczeniu na jednego uprawnionego zatrudnionego.
   Zgodnie z poglądem prezentowanym w uchwale NSA z dnia 24 maja 2010 r. – niezależnie od tego, czy dany pracownik skorzystał czy też nie z usług zapewnionych mu przez pracodawcę w pakiecie medycznym, osiągnął on przychód podatkowy w postaci prawa dostępu do tych usług. Prawo to posiada określoną wartość pieniężną wyrażoną ułamkową częścią ryczałtu, który płaci pracodawca. A zatem podstawą opodatkowania w podatku dochodowym od osób fizycznych z tego tytułu jest równowartość ceny, jaką pracodawca zapłacił za usługę objęcia pracownika opieką medyczną, czyli za abonament przypadający na jednego pracownika. Otrzymanie świadczenia potwierdza umieszczenie pracownika w wykazie osób uprawnionych do korzystania z usług centrum medycznego. Należy jednak zaznaczyć, że przychodem pracownika ze stosunku pracy jest wartość pakietu medycznego według ceny zakupu, dotyczącego jedynie świadczeń zdrowotnych innych niż te, do których zapewnienia pracodawca był / jest zobowiązany na podstawie przepisów BHP. Innymi słowy, z opodatkowania wyłączona jest ta część wartości pakietu, która odnosi się do świadczeń medycznych z zakresu bezpieczeństwa i higieny pracy dla pracowników, do których ponoszenia Spółka jako pracodawca jest zobowiązana na podstawie przepisów Kodeksu pracy i innych ustaw (art. 21 ust. 1 pkt 11 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. o podatku dochodowym od osób fizycznych ).
   Zdaniem ISP skutki uchwały dla pracowników powinny mieć znaczenie przede wszystkim na przyszłość. Stanowisko odnośnie konieczności korygowania wstecznie przez pracodawców podatku dochodowego od osób fizycznych z tego tytułu budzi głęboki sprzeciw, który jest uzasadniony dotychczasowym brakiem jednolitego dotychczas stanowiska zarówno resortu finansów, jak i judykatury w zakresie opodatkowania pakietów medycznych. Niektóre organizacje społeczne zgłaszały apele do Ministra Finansów mające na celu złagodzenie negatywnych konsekwencji orzeczenia poprzez wydanie rozporządzenia o zaniechaniu poboru podatku dochodowego od osób fizycznych z tytułu objęcia pracowników pakietem medycznym albo przygotowanie stosownej ustawy abolicyjnej. Trudno jednak przewidzieć, jakie będzie stanowisko resortu (względnie ustawodawcy) w tym zakresie.

   W opinii ISP, NSA miał podstawy prawne by podjąć uchwałę, w której wyraził pogląd o obowiązku opodatkowania podatkiem dochodowym od osób fizycznych pakietów medycznych. Definicja przychodów podlegających opodatkowaniu pozwala bowiem uznać, że wykupienie przez pracodawcę na rzecz pracowników pakietów medycznych jest trwałym, bezzwrotnym i definitywnym przysporzeniem dla pracownika mającym konkretny wymiar finansowy. ISP nie podziela jednak poglądu wyrażonego w tej uchwale, ponieważ przychodem podatkowym jest świadczenie faktycznie otrzymane, a nie samo prawo do jego otrzymania.

Zaległości z tytułu zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych
   Jeśli pracodawca (płatnik) podejmie decyzję o samodzielnym korygowaniu podatku dochodowego od osób fizycznych za lata ubiegłe, powinien sporządzić korekty począwszy od dnia 1 stycznia 2004 r. Zgodnie bowiem z art. 70 § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku (termin płatności podatku dochodowego za 2004 r. upłynął 30 kwietnia 2005 r., więc termin przedawnienia liczy się od końca 2005 r.). Lata nieobjęte przedawnieniem to zatem lata 2005-2009.
   Podstawą opodatkowania w podatku dochodowym od osób fizycznych z tytułu otrzymania przez pracownika świadczenia nieodpłatnego jest równowartość ceny, jaką pracodawca zapłacił za usługę objęcia pracownika opieką medyczną, czyli za abonament przypadający na jednego pracownika. Otrzymanie świadczenia potwierdza umieszczenie pracownika w wykazie osób uprawnionych do korzystania z usług centrum medycznego. Należy jednak zaznaczyć, że przychodem pracownika ze stosunku pracy jest wartość pakietu medycznego, według ceny zakupu, dotyczącego jedynie świadczeń zdrowotnych innych niż te, do których zapewnienia pracodawca był / jest zobowiązany na podstawie przepisów BHP.
   Wartość wykupionego pakietu usług medycznych w części obejmującej świadczenia inne niż z zakresu BHP (część pakietu przypadającą na jednego pracownika) pracodawca, jako płatnik, powinien doliczyć do wynagrodzenia wypłacanego w danym miesiącu i od łącznej wartości obliczyć, pobrać i odprowadzić zaliczkę na podatek dochodowy według zasad przewidzianych dla opodatkowania przychodów ze stosunku pracy, zgodnie z przepisami art. 31, 32 i 38 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r.
   Jeżeli pracodawca (płatnik) nie odprowadzał zaliczek na podatek dochodowy, a chce uniknąć ryzyka podatkowego w związku z uchwałą NSA z dnia 24 maja 2010 r., powinien uregulować zaległości podatkowe wraz z odsetkami obliczonymi od dnia następnego po dniu upływu terminu płatności do dnia zapłaty oraz złożyć korekty informacji dotyczących odprowadzonych zaliczek (PIT-11), korekty deklaracji rocznych o pobranych zaliczkach na podatek dochodowy (PIT-4R) za okres od stycznia 2007 oraz korekty deklaracji na zaliczkę miesięczną na podatek dochodowy od łącznej kwoty dokonanych wpłat (PIT-4) za okres przed dniem 1 stycznia 2007 r. – wraz z dołączonym pisemnym uzasadnieniem przyczyn korekty. Korekty należnych zaliczek dokonuje się poprzez ustalenie ich prawidłowej wysokości oraz dokonanie stosownych wpłat z wyszczególnieniem należności głównej oraz przypadających od niej odsetek. Sporządzenie korekt deklaracji (informacji) pozwala na uniknięcie odpowiedzialności karnoskarbowej.
Skorygowane informacje PIT-11 należy wysłać do właściwych urzędów skarbowych i do podatników. Podatnikom (pracownikom) należy przesłać te informacje wraz z pismem wyjaśniającym, czego dotyczy korekta, czym była uzasadniona i co podatnik powinien zrobić we własnym zakresie (obowiązek skorygowania zeznań za poszczególne lata, w których otrzymywał pakiety medyczne).
   Podkreślić należy, że w związku z ukształtowanym na gruncie ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. zakresem odpowiedzialności płatnika, który odpowiada za podatek niepobrany lub podatek pobrany a niewpłacony, to płatnik jest zobowiązany do zapłacenia zaległego podatku wraz z odsetkami. Obowiązujący od dnia 1 stycznia 2007 r. art. 26 a w zw. z art. 30 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. stanowi, iż za podatek niepobrany lub podatek pobrany a niewpłacony odpowiada wyłącznie płatnik – do wysokości zaliczki, do której pobrania był zobowiązany. To na płatniku więc ciąży – na podstawie art. 30 § 1 w związku z art. 26a ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - odpowiedzialność z tytułu zaniżenia lub nieujawnienia podstawy opodatkowania m.in. przychodów ze stosunku pracy, do wysokości zaliczki, do której pobrania zobowiązany jest płatnik. Płatnik może później dochodzić od podatnika (pracownika) tej należności na drodze roszczenia cywilnego.
   Natomiast pracownik powinien skorygować swoje zeznania roczne na podstawie informacji PIT-11 otrzymanych od pracodawcy (również z pisemnym uzasadnieniem przyczyn korekty), co może również wpłynąć na wysokość należnego podatku wynikająca z rozliczenia rocznego podatnika (za którą odpowiada sam podatnik). Podatnik nie ma obowiązku zapłaty podatku należnego wynikającego ze skorygowanego zeznania rocznego do wysokości zaliczki, którą wpłacił bądź powinien wpłacić pracodawca (płatnik) w związku z uznaniem za przychód pracownika świadczenia wynikającego z wykupionego na jego rzecz pakietu medycznego. Wskutek zapłaty przez płatnika zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę zobowiązanie pracownika (podatnika) w tym zakresie wygasło. W przypadku jednak, gdy wskutek korekty zeznania rocznego – na podstawie otrzymanej od płatnika informacji PIT 11 – wysokość zobowiązania (podatku należnego) za dany rok uległa podwyższeniu, przez co powstała kwota do zapłaty (np. w związku z opodatkowaniem dochodu według wyższej stawki podatkowej), podatnik będzie obowiązany do zapłaty tej kwoty – jako zaległości podatkowej wraz z odsetkami za zwłokę.
   Niedokonanie korekt przez płatnika rodzi ryzyko skorygowania ich przez organ w drodze decyzji w razie ewentualnej kontroli podatkowej lub skarbowej. Adresatem tej decyzji byłby płatnik.
   W przypadku podatków należnych za okresy wcześniejsze niż rok 2007 r. wydaje się, że odpowiedzialność z tytułu zaniżenia lub nieujawnienia podstawy opodatkowania ciąży nie tylko na płatniku, lecz również na podatniku. Wynika to z braku wyraźnego wyłączenia tej odpowiedzialności przez przepisy obowiązujące przed dniem 1 stycznia 2007 r. Jednakże należy odpowiedzieć na pytanie, czy jest to odpowiedzialność solidarna, zaś jeżeli nie – to czy w praktyce możliwe jest pociągnięcie podatnika do odpowiedzialności za zobowiązania podatkowe z tytułu podatków, które miał obliczyć, pobrać i wpłacić płatnik. Orzecznictwo sądowe stoi na stanowisku, że w takiej sytuacji nie ma miejsca odpowiedzialność solidarna. Ta musi bowiem wynikać wprost z ustawy. Nie występuje tu również odpowiedzialność in solidum, choć zapłata podatku przez jeden podmiot zwalnia drugi z obowiązku jego zapłaty i powstają wówczas roszczenia regresowe. Odpowiedzialność podatnika nie jest tu jednak wykluczona. Wobec braku wyłączenia odpowiedzialności podatnika oraz wobec przyjęcia, że nie jest to odpowiedzialność solidarna lub in solidum, należy uznać, że odpowiedzialność podatnika za podatki należne za okresy wcześniejsze niż rok 2007 ma charakter subsydiarny. Ponieważ brak będzie, charakterystycznej dla odpowiedzialności solidarnej, możliwości żądania przez organ podatkowy zapłaty podatku przez dowolnie wskazanego dłużnika, podatnik będzie mógł być adresatem żądania zapłaty podatku dopiero wtedy, gdy ściągnięcie podatku od płatnika stanie się w całości lub w części niemożliwe do wykonania. Obowiązek zapłaty odsetek obciąża wyłącznie płatnika.
   W przypadku zapłaty przez pracodawcę (płatnika) zaległego podatku i zaległych składek na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne z majątku pracodawcy, ich wartość stanowić będzie przychód pracownika podlegający opodatkowaniu podatkiem dochodowym od osób fizycznych. W tym przypadku, należy zwrócić uwagę na art. 32 ust. 2 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r., zgodnie z którym, jeżeli nieodpłatne świadczenia przysługują podatnikowi za okres dłuższy niż miesiąc, przy obliczaniu zaliczek za poszczególne miesiące przyjmuje się ich wartość w wysokości przypadającej na jeden miesiąc. Jeżeli nie jest możliwe określenie, jaka część tych świadczeń przypada na jeden miesiąc, a doliczenie całej wartości w miesiącu ich uzyskania spowodowałoby niewspółmiernie wysoką zaliczkę w stosunku do wypłaty pieniężnej, zakład pracy, na wniosek podatnika, ograniczy pobór zaliczki za dany miesiąc i pobierze pozostałą część zaliczki w następnych miesiącach roku podatkowego.
   W przypadku, gdy zapłacone kwoty zaległości dotyczyć będą byłych pracowników, osoby te uzyskają przychód ze źródła przychodów „inne źródła”. Płatnik obowiązany będzie do sporządzenia i przekazania byłemu pracownikowi i odpowiedniemu urzędowi skarbowemu informacji PIT-8C.

Zaległości z tytułu składek na ubezpieczenia społeczne i ubezpieczenia zdrowotne
   Zgodnie z art. 18 ust. 1 ustawy o systemie ubezpieczeń społecznych, podstawę wymiaru składek na ubezpieczenia emerytalne i rentowe pracowników stanowi przychód w rozumieniu przepisów ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych.
   W przypadku gdy pracodawca wykupuje pakiet medyczny, który ma określoną wartość na rzecz pracownika, pracownik ten uzyskuje nieodpłatne świadczenie w postaci prawa do korzystania z usług medycznych wykraczających poza obowiązujący zakres i dlatego wartość abonamentu medycznego na podstawie art. 12 ust. 1 i art. 11 ust. 1 ustawy z dnia 26 lipca 1991 r. winna być uznana za przychód pracownika ze stosunku pracy.
   Pracodawca (płatnik składek) dokonując korekty rozliczeń z tytułu składek na ubezpieczenia społeczne ma obowiązek sporządzić korekty uprzednio sporządzonych i złożonych raportów (deklaracji) dla celów obliczenia składek na ubezpieczenie społeczne i zdrowotne.
   Składki na ubezpieczenie społeczne potrącone – za zgodą pracownika – w związku z korektą zmniejszają podstawę opodatkowania wynagrodzenia wypłaconego pracownikowi. Dotyczy to składek potrąconych za okres, w którym zobowiązania podatkowe już się przedawniły (okres przedawnienia zobowiązań z tytułu składek na ubezpieczenie społeczne wynosi 10 lat).

   Te same zasady należy stosować do świadczeń na rzecz pracownika polegających na wykupie pakietu usług medycznych przez pracodawcę. Należy przyjąć, że wartość tych świadczeń zawiera w sobie kwotę podatku, część składki na ubezpieczenia społeczne opłacaną przez pracownika oraz składkę na ubezpieczenie zdrowotne. Zapłata wspomnianych należności przez pracodawcę również w tym przypadku spowoduje powstanie po jego stronie powstanie roszczenia wobec pracownika z tytułu bezpodstawnego wzbogacenia.